An der Spitze der Kölner Universität stand und steht seit dem Mittelalter der Rektor der Universität. Ihm oblag die Immatrikulation und Verpflichtung der Studierenden. Im Mittelalter war der Rektor zugleich Richter erster instanz für alle Universitätsangehörigen und deren Familien.

Das Universitätsarchiv verwahrt eine Serie von Fotografien von Rektorenbildern der alten Kölner Universität, deren Originale sich im Besitz des Kölner Gymnasial- und Stiftungsfonds befindet. Dem Rektor standen nach den Statuten von 1392 zwei Amtszeichen zu, die Epomis und die Rektorstäbe sowie die Pedellen. Die Epomis war ein Schulterumhang.

Mit der Immatrikulation wurde man(n) "membrum oder suppositum der Universität", wie Hermann von Weinsberg in seinen Erinnerungen schreibt, und genoss auch alle ihre Privilegien, darunter den besonderen Gerichtsstand. Unter den von Hermann Keussen publizierten Quellen zur Geschichte der Universität finden sich verhältnismäßig häufig Beschwerden darüber, daß ein Student versuchte, den Fall vom weltlichen Gericht vor das (geistliche) Gericht des Rektors zu ziehen. Das konnte aber auch schiefgehen: So beschloß der Rat der Stadt Köln, dem Studenten Peter Peltz von Attendorn Schirm und Schutz aufzukündigen, weil er den Steinmetz Hermann von Aldenhoven "ungebührlich" in einer ordentlich vor das weltliche Gericht gehörenden Sache mit dem geistlichen Recht verfolge. Weil sich Peter mit hochmütigen Worten geweigert habe, die Sache vor dem zuständigen Richter zu belassen, kündigte ihm die Stadt Schutz und Schirm auf, "und es geschehe ihm danach, wie es wolle - der Rat gedächte auch Unrecht an Peter Peltz nicht zu strafen."

Seit dem Mittelalter führen die Universitäten als Körperschaften besondere Insignien oder Hoheitszeichen, die dokumentieren, daß sie im Rahmen der jeweiligen gesellschaftlichen Ordnung einen eigenen Rechtsbereich bildeten. Den Rektoren als höchsten Repräsentanten der Hochschulen gebührten folgende Insignien: die Pedelle, Amtszepter, Matrikel- und Statutenbuch, Siegel und die Schlüssel zum Karzer. Auch die alte Kölner Universität verfügte über solche Würdezeichen. Sie sind jedoch bis auf die Siegelstempel und die Rektortruhe verlorengegangen. Letztere aus der Zeit um 1600 nahm damals die wichtigsten die Gesamtuniversität betreffenden Urkunden und Amtsbücher, mithin das Archiv, auf. Sie befindet sich seit den 1920er Jahren im Besitz der Universität zu Köln und ist im Dienstzimmer des Rektorats aufgestellt

Wie viele Amtsträger führten seit der frühen Neuzeit auch die Rektoren der Universitäten Ketten als besondere Zeichen der Würde ihres Amtes. Die ersten, von den Landesherren verliehenen Ketten gehören jedoch noch in die Gruppe der "Gnadenketten"; sie zeigen als Kleidod häufig eine Medaille oder ein Medaillons mit dem Bild der Herrschers. In diese Kategorie gehört auch die der dem Studiendirektor der Städtischen Handelshochschule Köln durch Kabinettsorder Kaiser Wilhelms II. vom 14.5.1913 verliehenen Amtskette.

Nach dem Ende der Monarchie und der kurz danach erfolgten Wiederbegründung der Universität wurde sie 1929 zur "kleinen Rektorkette" umgearbeitet, indem an die Stelle des Medaillons mit dem Bild des Kaisers das Universitätssiegel trat. Das Medaillon wird heute im Universitätsarchiv verwahrt. Die kleine Rektorkette stammt von dem Kölner Goldschmied Franz Dux, der auch die zwei Bekrönungen der Rektorstäbe und den Rektorbecher schuf.

1927 beschloß der Senat der Universität die Anfertigung einer großen Rektorkette, die neben den historischen Siegeln der Rechtswissenschaftlichen, der Medizinischen und der Philosophischen Fakultät und dem Rektorsiegel auch ein neugeschaffenes historisierendes Siegel der wirtschafts- und Sozialwissenschaftlichen Fakultät zeigt. Dieses wurde jedoch nur kurz jedoch geführt und zeigt in der Umschrift "Wirtschafts- und Sozialwissenschaftliche Fakultät Köln" einen Spitzschild mit den drei Kronen des Stadtwappens im Schildhaupt und einem Erdglobus umgeben von neun Hermelinschwänzen. Die Geschichte dieses von dem Goldschmied und Dozenten der Kölner Werkschulen Ernst Riegel Werkes hat Rainer Joppien ausführlich aufgearbeitet (einen Scan können Sie hier einsehen; pdf).

Die Kette wird heute wieder getragen, fand aber bis vor wenigen Jahren jedoch nur bei der feierlichen Rektoratsübergabe Verwendung, wo sie vom scheidenden dem neu antretenden Rektor umgehängt wird.

Seit dem späten Mittelalter gehören besondere Amtszepter zu den Würdezeichen der Universitätsrektoren; sie symbolisieren deren richterliche Gewalt. Diese wurde in Prueßen spätestens 1879 zugunsten der ordentlichen Gerichtsbarkeit beseitigt, es blieb den Hochschulen nur noch eine Disziplinargewalt über ihre Studierenden.

Auch die neue Universität erhielt 1927 durch den Kölner Goldschmied Franz Dux zwei Rektorstäbe, die unter gotischen Baldachinen die Heiligen Petrus und Paulus zeigen. Das Motiv orientiert sich an den nur bildlich überlieferten Rektorenszeptern der alten Universität. Die Bekrönungen wurde auf gedrehte Holzstäbe aufgeschraubt und konnten so getragen werden.

Dies erfolgte jedoch nur bei feierlichen Anlässen; die Szepter wurden dabei von von den Pedellen (Amtsdienern) der Universität getragen. Die Pedelle für die Dekane der Universität erhielten schon früher neobarocke Holzstäbe mit Messingbekrönungen. (über mittellateinisch "pedellus" oder "pidellus", gelegentlich "bidellus generalis" vom Althochdeutschen "bital, pital", "der einlädt/ruft"). Ihre Amtstracht war in Köln ein roter Talar aus Baumwollfilz mit schwarzem Kragen und ein hohes schwarzes Barett. Die ältere Form mit schwarzem Streifen entspricht vollkommen der seit 1842 bis heute von den Domschweizern getragenen Tracht und dürfte von diesen übernommen worden sein. Eine jüngere Form der Pedellentalare verzichtet auf den schwarzen Streifen. Dazu wurden weiße Stulpenhandschuhe getragen. Das Amt der Universitätspedellen, die dem Rektor und den Dekanen als Verwaltungsmitarbeiter zugeordnet waren, fiel erst in den 1960er Jahren fort.

Am Tage der Grundsteinlegung zum Universitätsneubau in Lindental, dem 26.10.1929 schenkte Oberbürgermeister Konrad Adenauer der Universität einen Silberbecher, der am Fuße die drei noch erhaltenen Kölner Stadttore zeigt. Er ist im Kontext auch des Kölner Ratssilbers zu sehen.

Er fand bei dem der Rektoratübergabe folgenden "Rektoressen" statt, bei dem der Oberbürgermeister der Stadt Köln - bis 1954 Vorsitzender des Universitätskuratoriums - und der neue Rektor sich gegenseitig Gesundheit zutranken. Den "Rektorwein", also den gesamten beim Rektoressen getrunkenen Wein, zahlte - bis in die 1980er Jahre aktenmäßig nachweisbar - der Oberbürgermeister der Stadt Köln.