Ernst (Johann Robert) Boerschmann wurde am 18.2.1873 in Prökuls, Landkreis Memel (Provinz Ostpreußen) als Sohn eines Rechnungsrates geboren. Nach dem Besuch des Humanistischen Gymnasiums in Memel und Ablegung der Reifeprüfung studierte er von 1891 bis 1896 an der Königlichen Technischen Hochschule Charlottenburg Architektur und Bauwesen. Nach verschiedenen Tätigkeiten trat er 1901 in die preußische Bauverwaltung als Regierungsbaumeister ein.

Von 1902 bis 1904 war er als Bauinspektor zur Ostasiatischen Besatzungsbrigade nach China kommandiert. Im Jahre 1906 begann er mit finanzieller Unterstüzung durch das Deutsche Reich ein zweite Expedition, auf der er mit dem Status eines "wissenschaftlichen Beraters" der deutschen Gesandtschaft vierzehn der achtzehn altchinesischen Provinzen bereiste und auf der er das Material für seine späteren Veröffentlichungen sammelte.

Nach Ausbruch des Krieges diente er nur bis 1915. Als Chef des Militärbauamtes in Königsberg (1918-21) nahm er zunächst in Ostpreußen seine Vortragstätigkeit über China auf, die er später auf das gesamte Reich ausdehnte. In Berlin, wo er seit 1921 tätig war, hatte er seit 1925 einen Lehrauftrag an der TH Charlottenburg und erhielt 1927 den Professorentitel.

Von 1933 bis 1937 weilte Ernst Boerschmann zum dritten Mal in China ; auch von dieser Reise brachte er zahlreiche Unterlagen mit. Seit 1940 war er Lehrbeauftragter an der Friedrich-Wilhelms-Universität Berlin, deren Sinologischen Seminar er ein Forschungsinistitut anschließen wollte. Als er 1943 ausgebombt wurde, ging an der TH Charlottenburg auch ein Teil der von ihm gesammelten Unterlagen verloren. Den größeren Teil des Materials konnte er in Bad Pyrmont retten, u.a. sein Fotoarchiv und seine namhafte Bibliothek, die aber nach 1950 verkauft wurde. Boerschmann vertrat von 1945 bis zu dessen ordentlicher Besetzung den Hamburger sinologischen Lehrstuhl. Er starb nach kurzer schwerer Krankheit am 30.4.1949 in Bad Pymont, wohin er seinen Wohnsitz verlegt hatte.